La historia comienza en el ártico, un sitio repleto de Sealeo, un profesor observa su hijo corriendo en la nieva a observar los Sealeos y acaricia un Spheal, y juego un poco con él, luego observa la hermosa aurora boreal, un Rayquaza volaba y en su camino voló un meteoro, meteoro impacto y todos los Pokémon corrieron para escapar, el niño se asusto bastante por estar en medio de su camino y se desmalló, su papá fue y rescato su hijo, luego quedaron viendo que era lo que veía del impacto, siendo un Pokémon nunca visto.
Ambos ven como el Pokémon actúa diciendo que es del espacio sideral, luego va Rayquaza a atacar a Deoxys y tira la piedra que tenía, Rayquaza sigue atacando y logra destruir el brazo de Deoxys y se regenera, se transforma en su forma de ataque y desploma a Rayquaza. En dos ocasiones, Rayquaza ataca y destruye la base de los científicos. Lastimados, Deoxys y Rayquaza siguen peleando, Rayquaza libera un híper rayo pero la forma de defensa de Deoxys lo bloquea y ataca nuevamente a Rayquaza, y así continuaron sucesivamente destruyendo todo lo que tenían en su paso, Rayquaza termino perdiendo cayendo bajo el agua, rayo sale enfrente de Deoxys y libera un híper rayo que borró del mapa a Deoxys, haciendo quedar solo una gena que cayó al mar, luego de eso Rayquaza se fue, la piedra dejada fue recuperado por los científicos, Rayquaza se sintió amenazado por el venir de otro Pokémon a su territorio. 4 años después
El niño ahora es un poco más grande, el padre científico libera un láser al cristal para analizar la composición de él. Logrando hacer que la cristal brille más, pero no sucedió mucho más que eso, debido a una falla del aparto.
El niño le cuenta cómo va su nuevo libro, la mujer ve como brilla el cristal, mientras que en el polo norte Deoxys vuelve a salir... En ese mismo tiempo nuestros héroes llegaban a ciudad LaRousse, el centro de la última tecnología, pero Ash no vino aquí por los lujos de última generación sino por la torre de batalla de la ciudad, en donde va en busca de un gran reto. El equipo rocket llega también pero dentro de un Magikarp gigante. Mientras eso pasaba un Plusle y un Minun juagando con un bote de basura haciendo desastre, y el Munchlax que estaba ahí ordenó lo que habían hecho, luego se marcho, pero con hambre... Ah y amigos llegan a la ciudad LaRousse, contemplando las maravillas tecnológicas de la ciudad. Y el robot les da fotos y le dio pasaportes de la ciudad, al salir de la estación Ash accidentalmente cae en una cinta mecánica. Ash al caer en la cinta, unos de los muchachos de ahí lo ayudó con su Blaziken, preguntando que si eran nuevos, Ash se presenta con el que lo ayudó, mientras que Brock se enamoró de una entrenadora de un Metagross llamada Rebecca. Las hermanas gemelas menores del entrenador señalan la torre de batalla. Ash va a registrarse en el torre, pero termina perdiéndose, y llega a una biblioteca, y le habla al niño de pelo blanco (el mismo del inicio de la película), pero se asusto y huyó corriendo, Ash lo sigue y se va al elevador a donde el niño entro, Ash le hablaba al niño pero no respondía, al abrir la puerta del elevador el niño se fue corriendo afuera, pero accidentalmente llegaron al piso de una ronda de batalla. Rebecca al llegar y querer ingresar a batallar se da cuenta que ya no podría ingresar porque ya no habían puestos disponibles. Y en cambio Ash se muestra más que preparado en hacer su batalla Ash se prepara, Ash pelea, junto con Tory, Rebecca se muestra enojada porque le robó su primer lugar, el profesor observa a Tory en una batalla Pokémon, Ash se muestra impresionado al ver que pelearía con los entrenadores que había visto, ellos sacaron Blaziken y Blastoise. Ash saca a Pikachu, pero el niño Tory no tiene Pokémon, Ash le presta a Tory un Torkoal para que luche (ya que Tory no era entrenador y se lo quería decir a Ash pero no lo dejó hablar). Entonces ya empezó la batalla, y Ash le dice a Tory que le comande ataques a Torkoal, pero él no hace nada, al parecer al ver de cercas a Blastoise se acuerda de su trauma con los Sealeos, la batalla sigue y el equipo de Ash se encuentra en desventaja, Ash opta por controlar a Torkoal, haciendo un desorden, la batalla terminó con un sofoco de Blaziken y perdieron fácilmente. Ash se muestra decepcionado, y bajó del estadio, el padre baja también y le dice lo orgulloso que estaba por él pero el Tory dice que todo fue un malentendido. Luego Ash fue a hablar con los padres de Tory, diciendo que Tory tenía una trauma desde muy pequeño, el de los Sealeos. El niño sale, y un Plusle lo llama a pedir ayuda. Ash decide ayudar a que Tory pierda su trauma con los Pokémon, mientras eso sucede Tory intenta ayudar al Minun en problemas, salvándolos, y deciden abrazarlo pero él no quiso y se fue, luego ellos también se fueron, Munchlax luego aparece levanta el bote nuevamente, y recoge la basura que tiraron, pero aun tiene hambre... Tory se va a su casi, y busca a su amigo que es algo raro, y le cuenta como ayudó a un Pokémon, en esos momentos Deoxys va hacia la ciudad esa, y libera una aurora boreal, todos los de la ciudad se muestran impactados, Tory también cuenta la parte de la batalla Pokémon, y que no le gustó, y en ese momento aparece Ash preguntando sobre con quien hablaba, Tory persiste en no contarle y huye. El equipo rocket como siempre con hambre, buscan comer cualquier cosa, y de milagro ven un aparato que reparte hamburguesas, pero éste les piden pasaportes (que no tienen) por lo que deciden atacar a la máquina, pero la máquina pide ayuda a robots de seguridad que terminaron atacando a Jessie con una descarga eléctrica, haciendo que el equipo rocket hullera penosamente del lugar.
Tory pregunta que porque lo sigue Ash tanto, Tory empuja a Ash y él le pregunta a fuerzas el motivo, Plusle y Minun impiden que empiecen a pelearse y a Brock se le ocurre una buena idea.
Brock concina una deliciosa comida que terminó rompiendo la rivalidad que había entre los dos, luego muchos Pokémon vinieron y Brock les ofreció comida, Tory termina huyendo por los Pokémon, luego el Munchlax viene y se come toda la comida a sus espaldas. Luego viene Plusle y Minun, y Pikachu le comparte su comida.
Más en la tarde Deoxys empieza a buscar a la cristal, haciendo un desastre por donde pasa, y liberando nuevamente un aurora boreal. Rebecca se pregunta el porqué sucedería esto si solo sucede en los polos norte y sur, muchos ignoran este hecho. El entrenador que derroto a Ash vuelve y le dice que mañana aceptará revancha. Luego Tory aparece y les ofrece a todos galletas Pokémon. Todos sacan a sus Pokémon, y empiezan a jugar entre sí. Tory se muestra alegre y decide jugar también, todo se muestra alegre y todos los Pokémon juegan felizmente, Rebecca separada de los demás, se sigue preguntando del por qué habría un aurora en la ciudad, al resto no le pareció importar. El equipo rocket luego aparece al ver la alta cantidad de comida, pero antes de comerla Munchlax aparece y se roba la comida antes que ellos...
Más tarde la aurora desapareció, y Rayquaza va a camino de la ciudad...
Tory le cuenta a Ash cosas de su vida personal, como su temor ante los Pokémon y entrenadores, Ash le aclara que eso ya queda en el pasado, pero la aparición repentina de Corphish arruinó el momento por haberlo asustado.
El día siguiente Tory les quiere mostrar el laboratorio de su padre, Tory va al un cuarto y les muestra su amigo, Rebecca se muestra fascinada de ese "amigo" todos los entrenadores muestran a todos sus amigos, lo que son sus Pokémon, todos se mostraron impresionados de los que era, su forma era romboide, de color verdoso, este levitaba y entendía todo lo que Tory le decía. Deoxys vuela hacia la dirección donde Rayquaza va, todos los de seguridad ven como Rayquaza se acerca, y también observan a Deoxys, Deoxys descontrola ciertas partes de la ciudad con su energía, el sector de seguridad decide que evacúen todos los de la ciudad, ya que si Rayquaza y Deoxys pelean en la ciudad, podría haber tremendos catástrofes, el profesor decide ir a rescatar a su hijo que está en el jardín, pero su mismo sistema lo envía a la sección de evacuación. Y el profesor se termina cayendo accidentalmente al mar, lo rescatan.
Deoxys empieza a causar más desorden, y luego Rayquaza viene a rematarlo, ambos empiezan a pelear... el sistema general de la ciudad empieza a desplomarse por los ataques de los dos seres. Blastoise y su entrenador intentan salir, pero al momento de hacerlo, Deoxys aparece sobre ellos, y Deoxys empieza a multiplicarse en muchas copias, estos atraparon a Sid y a Blastoise, luego los demás intentaron derrotar algunos más, Tory escolta a los demás a un camino subterráneo. La madre de Tory se pregunta qué es lo que querría.
Tory activa el camino subterráneo, al momento de entrar unos clones de Deoxys los siguieron pero lograron irse sin ellos, al salirse se encontraron con Yuko.
Plusle y Minun al ver como todos los Pokémon estaban siendo capturados por clones, decidieron esconderse bajo un puente, donde igual estaba Munchlax, y estos se escondieron dentro de una tubería.
Luego Yuko les comenta como ningún sistema electrónico funciona incluyendo pokébolas, como también les contó el relato de hace cuatro años, cuando un meteoro cayó y Deoxys peleó con Rayquaza, en el que Rayquaza salió ganador, borrando a Deoxys del mapa, pero al ver su aparición se asegura que así no fue, ya que este Pokémon podía regenerarse. En ese momento Max comentó que si tal vez podría traspasar paredes, y en ese momento asustados oyeron sonidos que se acercaban, no eran nada más que Plusle y Minun y Munchlax que terminaron llegando desde la ventilación, Munchlax terminó comiéndose toda la comida que había, ahora tienen que salir a buscar comida y agua, Ash y los tres otros entrenadores irán por esa misión, los demás se quedaron dentro, Plusle y Minun se salieron por la ventilación.
Ahora Ash y Tory y Brock encuentran una maquina de comida, pero al no haber energía decidieron usar un impactrueno de Pikachu para hacerlo funcionar, y así consiguieron comida, de repente aparecieron copias de Deoxys, y Plusle y Minun intentaron ayudar, pero Minun termina siendo raptado por las copias de Deoxys. Ahora que se fueron, Tory se muestra mal por no haber impedido que se llevaran a Minun, en ese momento Brock encuentra mucha agua.
Un clon de Deoxys que se había robado una maquina de hotdogs, y mientras volaba sosteniendo la maquina, sin ninguna razón aparente lo terminó soltando, Rebecca y los dos entrenadores que la acompañan se preguntaron el porqué de este suceso.
Ya es de noche y Rayquaza intenta entrara a la ciudad, pero la capa de seguridad lo impide, Ash y los demás, que estaban dormidos, se despiertan de repente al ver como las copias de Deoxys estaban intentando entrar a la base, los demás fueron al laboratorio donde estudian a Deoxys, en una capsula se encuentra un cristal el cual es Deoxys, y de ese cristal salió el amigo de Tory. Rebecca ahora descubre que los patrones de la aurora era idéntica a la del amigo, Rebecca descubre que la aurora en realidad un mensaje, ese mensaje decía donde estas, Deoxys lo que hace es buscar a su amigo perdido.
El día siguiente Deoxys aun lo sigue buscando, como también Rayquaza intenta entrar a la ciudad. Tory le pide a Yuko que regenere el cristal, pero el dispositivo de energía no es suficiente para hacer ello, debido a eso Ash y los demás planean ir a un lugar en donde podrán obtener energía a grandes cantidades. Yuko se queda en el laboratorio... Ash y los demás se encuentran con Deoxys, Ash le dice que no son malos, pero Deoxys no hace caso y se multiplica, los Pokémon de los entrenadores utilizan sus ataques para erradicar algunas copias para así distraer a los Deoxys del plan de Ash.
Rayquaza en otra parte, finalmente atravesó el escudo protector que rodeaba la ciudad.
Y el entrenador con su Blaziken se muestran rodeados de las copias, en ese momento Rayquaza aparece y es contraatacado por cientos de copias de Deoxys, pero este no lo impide a luchar con el verdadero.
Ash y los demás llegan al establecimiento, Munchlax se desvía por razones desconocidas y se va, ahora que llegaron dentro del establecimiento. Muchos Deoxys aún siguen continuando el ataque contra Rayquaza, él finaliza destruyendo a todos, y se queda frente a frente con el Deoxys original.
Plusle y Pikachu y Minun activaron la puerta de entrada, y así pudieron entrar en él, ahí se encontraban los que las copias habían secuestrado, y Plusle se encontró nuevamente con su amigo Minun.
Rayquaza se muestra muy furioso con Deoxys y siguen peleando.
Brock lanza una soga para que se suba, y en ese momento el segundo grupo fueron con ellos, Tory y Ash fueron al laboratorio, ahora Yuko tiene la suficiente energía para hacer la operación, May y los demás Pokémon intentan hacer mover los erices para así hacer más energía, como también el equipo rocket.
Ahora Yuko tiene listo el sistema, Tory activa el laser y este apunta al cristal. El cristal empieza a brillar, pero no parece funcionar, parece que un ocupa 20% más de energía, energía que Pikachu, Plusle, y Minun ofrecieron a completar. Esto hiso que el cristal brillara aun más y lentamente se fue transformando a la forma de Deoxys, Tory se muestra contento de poder ver finalmente la verdadera forma de su amigo, todos los demás también se ven alegres. Tory le pregunta que si está listo de buscar a su amigo, Deoxys de inmediato sale y se lleva con sigo a Tory y a Ash.
Mientras eso sucede Rayquaza esta dañando gravemente a Deoxys, y el escudo de seguridad se desapareció completamente. Rayquaza grita en un ánimo triunfante al no ver nada en pie, pero instantes después Deoxys se levanta de la nada y contraataca a Rayquaza, Deoxys se transforma en su modelo de ataque hiere gravemente a Rayquaza, pero antes de hacerlo una vez más, el otro Deoxys lo impide en forma de defensa, y lo desvía, haciendo un derrumbe de edificios, pero en ese momento ambos Deoxys se ven los unos con los otros, y dos auroras de distinto color aparecen, mezclándose luego entre sí cuando los dos Deoxys estaban rodeando de felicidad, pero al instante después aparece Rayquaza y ataca a los Deoxys, ambos Deoxys atacaron a Rayquaza y lo tumbaron al suelo, el se levanto y empezó a intentar a atacarlos desaforadamente.
El sistema de seguridad de la ciudad se activo momentos después, pero estos mecanismos de seguridad, debido a las fuerzas de Deoxys, este se descontrolo y trabaja por sui solo, Rayquaza se ve rodeado de los cubos, y justo antes de ser arroyado, ambos Deoxys activan un escudo protector junto a Rayquaza. Ash y Tory luego reciben un mensaje del profesor avisando que los robots tienen control propio, y que lo que ahora tiene que hacer es mostrar su identificación al robot líder, momentos después los robot cubos fueron directamente a la torre de batalla, los dos ya vieron cuál es el robot líder, y para acercase a él se subieron a un robot de hotdogs, robot que tenía en el Munchlax, en ese momento el evoluciona a Snorlax y sirvió para que Ash se subiera de él como plataforma, se trepó a unos metales, y saltando por los cubos que habían en montones llegaron hasta el robot líder, Ash intentó usar su pasaporte pero este se cayó, entonces Tory le lanzó el suyo, estaba a punto de perderlo pero no fue así gracias a Pikachu que terminó cayéndose en los cubos, Ash con el pasaporte logro desactivar el sistema que se había vuelto loco, y gracias a ello se detuvieron los cubos, Plusle y Minun estaban muy contentos de ello pero cayeron de accidente, Tory los atrapo pero el cayo también, al estar callando, y teniendo en mente que ya no podía hacer nada más para salvarlos, aparece su amigo Deoxys y lo rescato, y Rayquaza se mostró sin signos de rencor y se fue, ahora ambos Deoxys, al momento que todos se volvieron a reunir, se despidieron de Tory y de los demás, ahora ambos finalmente irán su lugar de origen. El equipo rocket siguió pedaleando desde su última aparición de la película.
