Pese que en algunas capturas previamente mostradas del juego se podían ver las cavidades en las pendientes que indicaban que se podían crear bases secretas. Ahora se confirma de manera oficial la aparición de las Bases Secretas en Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa, además de la confirmación, también se nos avisan sobre nuevos divertidos aspectos que tendrán las bases secretas que antes no tenían, como decidir las reglas sobre qué tipo de batallas Pokémon permitirás dentro de la base, y que una base podrá ser compartida por grupos de personas. Esto se logra invitando a dueños de otras bases secretas a tu propia base secreta y así convertirlo en tu amigo secreto.
Otra actividad que se puede hacer en las bases secretas es que se podrán jugar minijuegos tales como la caza de banderas, el cual tiene como objetivo encontrar bases secretas para capturar la bandera que se encontrará junto al PC Secreto de la Base Secreta del otro jugador. Mientras uno capture más banderas, uno aumenta el rango de su equipo y adquiere beneficios tales como premios.
